2009年度北京基因組研究所多個“973”項目及課題獲得科技部資助，與往年相比，取得了較大的進步。其中劉斯奇研究員作為首席科學家牽頭的《蛋白質組海量質譜數據的解析及其在人類基因組注釋中的應用》獲得了資助。該項目集合了中科院計算所、復旦大學、上海生物信息技術研究中心等相關單位。

同時，本年度還有3項我所作為課題負責人的項目也獲得了資助。分別是于軍研究員項目組的張曉偉高級工程師承擔的《禽流感病毒遺傳變異分析》和肖景發副研究員承擔的《木薯基因組注釋與信息整合》，以及劉斯奇研究員項目組的陳唯軍副研究員承擔的《RA相關新型自身抗原鑒定及修飾特點研究》項目。另外曾長青研究員項目組作為一個課題的參加單位也獲得了“973”項目的資助。