國家基因組科學數據中心發布猴痘病毒資源庫
6月10日,國家基因組科學數據中心正式發布猴痘病毒資源庫(Monkeypox Virus Resource, MPoxVR)。該庫整合了美國國家生物技術信息中心(NCBI)公開發布的全球414條猴痘病毒基因組序列數據和元信息,并對不同猴痘病毒株的基因組序列做了變異分析與展示,同時提供基因組注釋、基因組變異分析和注釋、BLAST等在線分析工具,以及相關的SRA測序原始數據、學術文獻、科普文章和其他猴痘資源數據庫。
MPoxVR將持續更新猴痘病毒和其他痘病毒科的元信息與基因組序列數據。當前收錄和審編了來源于NCBI的GenBank數據庫猴痘病毒株的株名、采樣日期、采樣地點、宿主、序列長度和序列完整性等元信息。通過該資源庫還可訪問國家基因組科學數據中心基因組數據庫GWH從GenBank收錄的痘病毒科基因組和蛋白序列,用戶可基于Accession號、種名、屬名、采樣日期、采樣地點、宿主、分離源、發布日期、序列長度和序列完整性等元信息篩選感興趣的痘病毒科病毒株,個性化選取元信息和序列進行下載,開展相關的科學研究。
MPoxVR提供了豐富的猴痘病毒基因組變異分析統計和注釋信息。該庫以本次流行第一條公開發布的猴痘病毒序列(ON563414.3)為參考序列,開展猴痘病毒株基因組變異分析,并對結果進行了統計與可視化展示。通過對全基因組序列變異位點分析,獲取猴痘病毒株的變異程度、變異區域、變異堿基的詳細信息,獲得全球范圍內猴痘病毒基因組變異圖譜。對猴痘病毒株的基因組變異分析可為追溯病毒來源、追蹤病毒株變異路徑、防控猴痘病毒引發的疫情及治療提供重要的數據基礎與決策支持。
猴痘病毒基因組序列全球分布動態
猴痘病毒基因組序列發布動態
猴痘病毒基因組變異分析統計結果