近日,中國科學院北京基因組研究所基因組科學與信息重點實驗室，成功構建“脊椎動物進化分支共調控基因數據庫”,該研究成果在《Evolutionary Bioinformatics》雜志發表。

脊椎動物，尤其是哺乳動物，其基因組的序列特征和基因位置關系具有良好的共線性關系，這些復雜且動態的基因排列和染色體結構對于維持體形發育和細胞分化具有重要意義。但其中幾個基本問題卻一直困擾著科研人員，如：不同進化分支物種（靈長目、嚙齒目、食肉目和偶蹄目等）基因組的保守和變異的基因聚類的最小單位是什么？這些基因聚類與核小體定位和染色體折疊的關系？這些基因的聚集是隨機的還是有所偏好的？哪些是隨機的，哪些是功能相關的？

基于以上科學問題，在中科院北京基因組研究所副所長、基因組科學與信息重點實驗室主任于軍研究員的指導下，王大鵬博士、張宇賓和樊中華所在小組收集了廣泛范圍物種的基因組注釋信息，包括哺乳動物、鳥類、爬行類、兩棲類和魚類，并且選擇有代表性的昆蟲、線蟲和真菌作為外群。研究以人類基因組為參照，將其它各物種的基因組以同源基因為原則，以保守的兩個“核心基因”為單位（保持轉錄方向保守的“頭對頭”、“尾對尾”或者“頭對尾”）對應到人類基因組上。并且提供了多種研究共調控機制的工具，如共進化、共表達、基因功能富集和啟動子分析等模塊。

該數據庫及相關工具的構建，為解析具體一個基因或者幾個基因在不同進化樹分支內保守性和分支間變異性相關的基因復制、丟失、插入、倒位以及染色體水平的多倍化等基因組變異事件提供了有力的支持。

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LCGbase數據庫結構和構建流程