近日，中國科學院北京基因組研究所（國家生物信息中心）國家基因組科學數據中心開發的單細胞全基因組甲基化數據庫（scMethBank）正式上線。該研究成果以“scMethBank: a database for single-cell whole genome DNA methylation maps”為題在國際學術期刊Nucleic Acid Research 在線發表。

　　作為表觀基因組學的重要組成部分，DNA甲基化為研究基因組印跡、早期胚胎發育和癌癥進展等生物學過程提供了重要視角。隨著單細胞測序技術的不斷發展，在單細胞分辨度研究DNA甲基化成為可能，也極大地促進了細胞表觀遺傳異質性的探索。然而，由于缺乏完善的標準化數據分析技術及流程及相應的單細胞甲基化數據資源平臺，對于不同實驗來源的海量的單細胞甲基化樣本數據的整合和再利用面臨著巨大的挑戰。針對這些問題，國家基因組科學數據中心研究團隊開發了scMethBank數據庫。

　　scMethBank 是一個開放訪問和綜合性的全基因組單細胞DNA甲基化數據庫，收集基于重亞硫酸氫鹽轉換的單細胞原始測序數據，以標準化的工作流程在單堿基分辨率下檢測甲基化狀態并構建多種狀態下的單細胞甲基化圖譜。數據庫目前收錄了來自于15個公開的單細胞數據集的8328個單細胞全基因組重亞硫酸氫鹽測序數據和人工審編的元數據，涉及人和小鼠兩個物種、29種細胞類型和兩種疾病狀態。

　　scMethBank提供友好的用戶界面，以支持交互式的單細胞甲基化數據的查詢、瀏覽和使用。同時，數據庫還提供一系列為單細胞甲基化數據設計的在線分析和可視化工具，包括差異甲基化區域（DMR）注釋、富集分析、差異甲基化區域繪圖等，通過網絡服務器幫助用戶分析、解釋和應用單細胞甲基化數據。scMethBank是目前第一個較全面的單細胞甲基化數據庫，并有望成為單細胞表觀遺傳研究的重要數據資源和分析平臺。

　　北京基因組研究所（國家生物信息中心）博士研究生宗文婷及亢紅恩為本文共同第一作者，李茹姣高級工程師與鮑一明研究員為共同通訊作者。該研究得到了中科院戰略性先導科技專項、國家重點研發計劃、中科院關鍵人才計劃等項目資助。

　　論文鏈接

scMethBank數據處理流程與主要內容