北京基因組所(國家生物信息中心)發布原核生物泛基因組數據庫ProPan
相比于傳統的比較基因組學分析,泛基因組學為開展物種基因組動力學、分類及鑒定、致病性和環境適應等研究提供了新的視角。
近日,中國科學院北京基因組研究所(國家生物信息中心)國家基因組科學數據中心開發的原核生物泛基因組數據庫(ProPan)正式上線,旨在提供多物種的基因組動力學特征,為物種關鍵抗性和代謝相關基因鑒定及其演化規律研究提供重要的數據資源。該研究成果以“ProPan: a comprehensive database for profiling prokaryotic pan-genome dynamics”為題在國際學術期刊Nucleic Acid Research 在線發表。
ProPan不僅剖析了多個原核生物物種的基因組動力學特征,還進行了基因簇核苷酸多樣性計算、COG功能富集分析、31個關鍵代謝循環過程及圖譜構建、126種物質(包括殺菌劑、抗菌藥物和金屬)抗性基因預測和基因存在/缺失變異分析等。目前,ProPan共收集了432個屬的1504個物種(23個古細菌物種,1481個細菌物種)的51,882個基因組(295個古細菌基因組,51587個細菌基因組)和182867222個基因簇。用戶可以以物種作為基本單元,進行數據的瀏覽、搜索和下載。
中國科學院北京基因組研究所(國家生物信息中心)特別研究助理張亞東及博士研究生張好為本文共同第一作者,張哲文助理研究員和肖景發研究員為共同通訊作者。本工作得到中國科學院戰略性先導研究計劃、國家自然科學基金、國家重點研發計劃等項目資助。
ProPan數據庫瀏覽、搜索及分析展示
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