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    北京基因組所(國家生物信息中心)發布細胞分類庫Cell Taxonomy

      隨著單細胞技術的迅速發展和應用,越來越多的細胞類型和細胞多態性被發現。準確的細胞分類對于描繪細胞類型多樣性、追蹤細胞譜系、表征腫瘤微環境以及闡明發育和疾病復雜機制至關重要。

      近日,中國科學院北京基因組研究所(國家生物信息中心)國家基因組科學數據中心正式發布了細胞分類庫Cell Taxonomy,旨在提供多物種的細胞特征刻畫和細胞標志物(cell marker)評估,為細胞類型注釋和單細胞相關研究提供了重要數據資源。該研究成果以“Cell Taxonomy: a curated repository of cell types with multifaceted characterization”為題在國際學術期刊 Nucleic Acids Research 在線發表。

      Cell Taxonomy基于4,299篇文獻審編、15個相關數據資源整合和單細胞測序數據分析(約350萬個細胞),目前共收錄3,143種細胞類型和26,613個細胞標志物(cell marker),涵蓋34個物種、387種組織和257種生理/病理狀態。Cell Taxonomy從多方面系統表征細胞類型特征,包括細胞標志物和細胞群(cell cluster)質量評估、細胞類型跨物種比較、細胞組分刻畫和細胞相似性定量。為更好的幫助用戶注釋和比較細胞類型,Cell Taxonomy開發了在線工具Cell Type Predictor和Cell Type Comparator。

      中國科學院北京基因組研究所(國家生物信息中心)助理研究員降帥、博士研究生錢啟衡和博士研究生朱彤彤為本文共同第一作者,章張研究員和肖景發研究員為共同通訊作者。本工作得到了中科院戰略性先導科技專項、國家自然科學基金和國家重點研發計劃等項目資助。

      文章鏈接

    細胞分類庫的主要內容和功能模塊,根據細胞類型、細胞標記物、組織、物種、生理/病理狀態、單細胞研究和文獻對數據進行展示,并提供多方面的細胞特征刻畫。

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