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    基因組平臺特色技術

      基因組平臺是所級中心測序技術支撐和技術開發部門,負責生物樣品核酸提取和檢測、文庫構建、上機測序和基本數據處理、生物樣品庫維護等任務,裝備先進的NGS高通量測序技術平臺(HiSeq2000、HiSeq3000、HiSeq4000和Ion Proton)、單分子測序儀(PacBio RSII)以及核酸質譜儀Agena(原Sequenom MassArray),可開展基因組從頭測序、基因組重測序、轉錄組測序、小RNA測序、甲基化測序、ChIP-seq測序、單細胞基因組和單細胞轉錄組測序、外顯子組測序、全長轉錄本測序、高通量SNP檢測等技術服務。通過多年的經驗積累和技術開發,在微量樣品測序、RNA甲基化測序、大片段Mate-paired文庫構建、全長轉錄本測序研究等方面,平臺保持技術領先。

      基因組平臺特色技術有:

      一、微量樣品測序

      1.DNA測序:起始量低至1ng;

      2.DNA甲基化測序:起始量低至100ng;

      3.轉錄組測序:總RNA起始量低至100ng;

      4.ChIP-seq測序:起始量低至5ng;

      5.全外顯子組測序:起始量低至50ng;

      二、RNA甲基化測序

      RNA 5mC甲基化測序檢測;

      三、大片段Mate-paired文庫構建

      1.1-15kb文庫構建;

     

      2.35kb文庫構建;

        

    圖1. 1-15kb Mate-paired文庫構建流程

      

      圖2. 35kb文庫構建及末端測序流程

      四、全長轉錄本測序

      1.基于SMART技術的全長轉錄本文庫構建;

      2.多個樣品(單細胞)barcode混合構建全長轉錄本文庫;

      3.PacBio測序平臺測定獲取全長轉錄本序列及數據分析;

      

      圖3. PacBio全長轉錄本測序分析流程

      

      圖4. PacBio全長轉錄本研究基因可變剪接優勢示意圖

      五、復雜基因組測序解決方案

      1.綜合運用小片段文庫測序、Mate-paired文庫測序及Fosmid 35kb文庫測序,組裝Contig、構建Scaffold;

      2.利用三代PacBio測序平臺,獲得長讀長(>10kb)序列數據,整合二代測序數據,組裝基因組精細圖。

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